С 2010 года Кузнецов находился в международном розыске. В отношении него судом заочно было вынесено постановление об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу, а в ГСУ СКР - постановление о привлечении в качестве обвиняемого.
Материалы уголовного дела в отношении Кузнецова и его соучастников составляют 340 томов. В них закреплены доказательства его причастности к таким преступлениям, как мошенничество, совершенное организованной группой в особо крупном размере, легализация имущества, приобретенного лицом в результате совершения им преступления и растрата. По версии следствия, министр вместе со своим заместителем Валерием Носовым и другими сообщниками незаконно выкупил у предприятий ЖКХ долги ряда муниципальных образований на сумму 3,5 миллиарда рублей, а затем за бюджетный счет погасил их.
В случае, если решение французской стороны вступит в законную силу, Кузнецова этапируют в Россию, после этого следователи предъявят ему обвинение и приступят к проведению следственных действий.
На данный момент в международном розыске продолжает находиться супруга Алексея Кузнецова – Жанна Булох, которая, по версии следствия, также является соучастницей вышеуказанных преступлений.