По версии следствия, с ноября 2012 по февраль 2013 года Кочарыгин совместно с неустановленными сообщниками незаконно изготавливал документы, подтверждающие прохождение курсов обучения пилотов-любителей и пилотов коммерческой авиации. Эти документы он собирался продавать за 50 и 150 тысяч рублей. СК установил, что документы успели незаконно получить семь человек.
Главу авиашколы задержали при получении очередного платежа в декабре 2013 года. Сначала суд освободил его под залог 700 тысяч рублей, однако подозреваемый начал оказывать давление на свидетелей, в связи с чем его заключили под арест.
Следователи направили руководству Федерального агентства воздушного транспорта РФ и руководителю Федеральной службы по надзору в сфере транспорта РФ письма с просьбой отстранить от управления воздушными судами пилотов, незаконно получивших удостоверения. Также СК рекомендует лишить «Крылья Невы» лицензии на подготовку летного состава.
