Участники группы тщательно готовились к совершению убийства: изучали образ жизни Немцова, места его проживания и частого пребывания, вели скрытое наблюдение за ним и, исходя из этого, выбирали способ и место нападения, необходимое соответствующие оружие, транспорт, средства связи. Определяли способы и маршруты отхода с места преступления.
В ходе расследования проверялись показания обвиняемых Заура Дадаева и Анзора Губашева о том, что убийство Немцова совершено ими по мотивам религиозной ненависти, так как потерпевший поддержал карикатуры в отношении пророка Мухаммеда во французском журнале «Шарль Эбдо» в январе 2015 года.
Однако собранные доказательства свидетельствуют о том, что участниками организованной группы еще в сентябре 2014 года начата подготовка к совершению убийства Немцова, что полностью исключает указанный ими мотив убийства на почве религиозной ненависти.
Кроме того, в ФСБ сообщили, что Немцова застрелили из оружия, собранного в "кустарных" условиях. Детали для него были привезены из-за границы.