Деревянный храм был восстановлен с помощью работников ОАО «Ленское объединённое речное пароходство». В 2015 году в Якутске было образовано региональное отделение Императорского православного палестинского общества (ИППО), которое возглавил гендиректор ОАО «ЛОРП» Сергей Ларионов. По его инициативе в 2016 году храм взят под опеку РО ИППО по РС(Я).
«Мы получили на реставрационные работы благословение владыки Якутского и Ленского Романа. Председатель ИППО Сергей Степашин, будучи в Якутске, ходатайствовал перед главой республики Егором Борисовым о включении реставрации Атамайской церкви в план мероприятий к 125-летию Атамайского наслега, которое широко отмечается в 2017 году», – рассказал Сергей Ларионов. В ходе реставрации очистили наружные стены от многолетней пыли, отреставрировали окна, двери, отремонтировали внутренние стены и полы, изготовили ограждение, купола, заказали иконостас, для которого жители близлежащих наслегов принесли иконы, благоустроили территорию. В сентябре архиепископ Якутский и Ленский Роман отслужил в Никольской церкви первое после реставрации богослужение.
После богослужения владыка вручил архиерейские грамоты Сергею Львовичу Байдакову – заместителю председателя ИППО, который специально прилетел на торжество из Москвы, Сергею Ларионову, в знак огромной заслуги ИППО в восстановлении старинного храма. Были отмечены и строители, мастера, чьими руками была проделана огромная работа. Прозвучали слова благодарности всем, кто принимал участие в реставрации достояния Горного района. У многих из присутствующих в этом благолепном храме крестились и венчались предки.
В годы гонений на церковь горненцы хранили дома иконы; очень пригодились при реставрации рисунки и схемы, сделанные много десятков лет назад местной жительницей Татьяной Никифоровой по рассказу её деда, служившего звонарём при церкви.
История затерянной среди якутской тайги церквушки хранит немало примеров своего чудесного спасения. Она выстояла, не была разрушена в богоборческие времена, а не так давно её общими силами уберегли от лесного пожара. Начальнику Якутской базы авиаохраны лесов, члену ИППО Владимиру Леонову позвонили встревоженные жители Горного района (он в это время был в командировке в Москве): таёжный пожар подошёл на опасно близкое расстояние к церкви. Тот сообщил в ГУ МЧС, прибавив, что пожар приближается к населённому пункту (такое вполне можно было ожидать). Пожар был оперативно потушен.
Справка:
Атамайская Николаевская церковь была построена в 1870 году на средства инородца Атамайского наслега Намского улуса Никифора Аргунова и освящена 7 ноября того же года Преосвященнейшим Дионисием, епископом Якутским и Вилюйским. Могила Никифора Аргунова находится здесь же, на церковном кладбище, а церковь может служить ему достойным памятником.
В 1895 году после пожара силами прихожан была отстроена новая церковь с колокольней, 19 ноября того же года она была освящена епископом Мелетием во имя святителя Николая – именно это здание сегодня мы можем видеть почти в первозданном состоянии.
1 января 1898 г. при церкви была открыта одноклассная церковно-приходская школа, из стен которой вышли много замечательных людей Атамайского наслега.
В Атамайском приходе до революции проживали 2 482 прихожанина 1-го Атамайского, Хатын-Аринского, Хамагаттинского, Тастахского и Мукучинского наслегов Намского улуса.
В 1913 г. был произведен ремонт и благоустройство церкви. В 1930 году церковь была закрыта. В советские времена здесь был клуб, позднее школа, затем здание пустовало, постепенно приходило в упадок, но местные жители как могли заботились о храме.
В 2017 г. храм был восстановлен.
