По версии следствия, авиакатастрофа произошла из-за ошибок командира воздушного судна Рустема Салихова и второго пилота Виктора Гуцула.
Так, Валерий Портнов, занимавший должность заместителя генерального директора ОАО «Авиакомпания «Татарстан», направил в 2009 году документы в отношении Салихова, содержащие недостоверные сведения, в Татарское межрегиональное управление Росавиации. В свою очередь Шавкат Умаров, являясь руководителем Татарского межрегионального территориального управления воздушного транспорта Росавиации, по халатности не организовал в сентябре 2009 года проверку подлинности и достоверности представленного авиакомпанией свидетельства пилота коммерческой авиации Салихова, что позволило бы выявить факт невыдачи ему данного свидетельства. В результате Салихов, не имея базовых знаний, навыков и опыта пилота, стал осуществлять пассажирские авиаперевозки в качестве пилота воздушного судна.
Кроме того, в процессе работы Валерий Портнов и шеф-пилот авиакомпании Виктор Фомин не обеспечили должную подготовку Салихова, а вместо этого направили неподготовленного пилота на получение статуса командира воздушного судна.
17 ноября 2013 года Салихов, выполняя рейс маршрутом Москва-Казань, при посадке ввел воздушное судно в сложное пространственное положение, при этом Гуцул управление на себя не принял. В результате Салихов при наступлении нештатной ситуации, нарушая правила пилотирования, своими действиями допустил крушение воздушного судна.
В отношении Салихова и Гуцула уголовное преследование прекращено в связи с их смертью. На основании собранных доказательств Портнову и Фомину предъявлено обвинение в совершении преступления, предусмотренного ч.3 ст.263 УК РФ (нарушение правил безопасности движения и эксплуатации воздушного транспорта, повлекшее по неосторожности смерть двух или более лиц), Умарову – по ч.3 ст.293 УК РФ (халатность, повлекшая по неосторожности смерть двух или более лиц).
