История духовного училища началась с открытия в 1801 году при якутском Спасском монастыре духовной школы. В 1858 году в Якутск из Ситхи (Аляска) перевели Новоархангельскую духовную семинарию. В апреле 1920 года все духовные учебные заведения Якутска были закрыты.
В 2006 году по благословению Патриарха Алексия II и решением Священного Синода училище возобновило деятельность. Позже оно было преобразовано в Якутскую духовную семинарию.
Справка:

Архиепископ Якутский и Ленский Роман (в миру - Лукин Алексей Александрович) родился 11 октября 1968 г. в г.Прохладный Кабардино-Балкарской АССР в православной семье.
В 1993 г. окончил Ставропольскую духовную семинарию, в 1999 г. — Московскую духовную академию (кандидат богословия), в 2004 г. ― психологический факультет Института дружбы народов Кавказа в Ставрополе, в 2011 г. ― Общецерковную аспирантуру и докторантуру.
В июле 1987 г. принят в иподиаконский состав архиепископа Антония (Завгороднего), правящего архиерея Ставропольской и Бакинской епархии.
В декабре 1987 г. призван для прохождения срочной воинской службы.
В декабре 1989 г. принят в первый класс Ставропольского епархиального училища им. свт. Игнатия Брянчанинова. В 1990 г. переведен во второй класс реорганизованной Ставропольской семинарии.
С 1990 г. нес послушание иподиакона митрополита Ставропольского и Бакинского Гедеона (Докукина).
20 марта 1992 г., обучаясь на третьем курсе Ставропольской духовной семинарии, архимандритом Евгением (Решетниковым) пострижен в монашество с именем Роман в честь прп. Романа Сладкопевца.
7 апреля 1992 г. в Андреевском соборе г.Ставрополя митрополитом Ставропольским и Бакинским Гедеоном рукоположен в сан иеродиакона. 9 августа того же года, в Крестовоздвиженском храме г.Кисловодска, ― в сан иеромонаха.
В течение последнего года учебы нес послушания благочинного семинарского храма и исполнял обязанности заведующего канцелярией семинарии.
По окончании семинарии назначен на должность настоятеля храма свт. Игнатия Ставропольского (Брянчанинова), и.о. инспектора, а также преподавателем литургики и нравственного богословия Ставропольской семинарии.
С 18 октября 1993 г. ― ответственный секретарь, а с 14 мая 1994 г. ― главный редактор газеты «Православное слово».
С 1999 г. ― проректор по воспитательной работе (инспектор) Ставропольской духовной семинарии и настоятель Игнатиевского семинарского храма.
В 2000 г. согласно указу Святейшего Патриарха Алексия II ко дню Святой Пасхи возведен в сан игумена.
В последующие годы был председателем комиссии по религиозному образованию и катехизации Ставропольского благочиннического округа, редактором и ведущим духовно-просветительской телепрограммы «Ставропольский Благовест».
С 2005 г. ― наместник кафедрального собора св. ап. Андрея Первозванного г.Ставрополя, настоятель храма св. мц. Татианы и декан теологического факультета Института дружбы народов Кавказа. Неоднократно совершал пастырские поездки в Чеченскую Республику и Республику Ингушетию.
За время служения в Ставропольской епархии стал инициатором большой социальной и образовательной работы.
Ко дню Святой Пасхи 2006 г. Святейшим Патриархом Алексием II возведен в сан архимандрита.
6 октября 2008 г. определением Священного Синода избран епископом Михайловским, викарием Ставропольской епархии.
С 2009 г. — сотрудник Отдела внешних церковных связей.
С 2009 г. по 2011 гг. ― слушатель Общецерковной аспирантуры и докторантуры.
25 декабря 2009 г. постановлением Священного Синода по результатам состоявшегося согласования с Католикосом-Патриархом всея Грузии Илией II, как клирик Московской епархии, направлен в Тбилиси для пастырского служения среди русскоязычных верующих с поручением в необходимых случаях также представлять позицию Русской Православной Церкви.
С 4 января 2010 г. по благословению Предстоятеля Грузинской Православной Церкви приступил к служению в тбилисском храме апостола Иоанна Богослова.
30 мая 2011 г. определением Священного Синода избран епископом Якутским и Ленским. Наречен во епископа 18 июня 2011 г. в домовой церкви Патриаршей резиденции в Чистом переулке в Москве. Хиротонисан 19 июня за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя в Москве. Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
С 1 октября 2011 г. ― член Общественной палаты Республики Саха (Якутия).
25 ноября 2012 г., в память о праздновании 380-летия вхождения Якутии в состав России и служения по этому случаю Божественной литургии в Храме Христа Спасителя г. Москвы, награжден Святейшим Патриархом Кириллом памятной панагией.
13 мая 2013 г. избран почетным профессором Института дружбы народов Кавказа.
С 20 мая 2014 г. ― член Общественной палаты Республики Саха (Якутия) второго созыва.
23 октября 2014 г. Священным Синодом избран членом комиссии Межсоборного присутствия по вопросам организации церковной миссии.
1 февраля 2016 г. за Литургией в Храме Христа Спасителя в Москве Святейшим Патриархом Кириллом возведен в сан архиепископа.
В 2018 г. награжден орденом прп. Серафима Саровского III ст.