По версии следствия, Калмыков, работая в должности заместителя генерального директора по коммерции ОАО «Аэрофлот – Российские авиалинии», в целях извлечения выгод для компаний ООО «Санрайз тур групп» и ООО «Санрайз тур», аффилированных с его близкими родственниками, предоставил явные преимущества этим организациям.
Так, 15 марта 2011 года при участии Андрея Калмыкова ОАО «Аэрофлот» заключен договор о реализации блочных перевозок с ООО «Санрайз тур групп», предусматривающий реализацию 85 866 мест по маршруту «Москва-Анталия-Москва» на сезон «Лето-2011». Цена реализации одного места эконом-класса составила 221 доллар США. При этом 10 марта 2011 года в адрес генерального директора ОАО «Аэрофлот» поступило сопоставимое коммерческое предложение от ООО «Компания Тез Тур» о покупке 46 000 мест эконом-класса на данном маршруте по цене 320 долларов США за одно место эконом-класса.
Счетная палатой Российской Федерации в ходе проверки финансово-хозяйственной деятельности ОАО «Аэрофлот» за 2010-2011 годы и 9 месяцев 2012 года установила, что ООО «Санрайз тур групп» в период заключения в 2010-2011 годах сделок с ОАО «Аэрофлот» принадлежало ООО «Санрайз эссет менеджмент», учредителями которого являлись в равных долях супруга Андрея Калмыкова и его мать.
Отклонение предложения ООО «Компания Тез Тур» о приобретении блочных мест по цене 320 долларов США за место привело к неполучению обществом выручки на сумму 4 583 700 долларов США, или при среднем курсе доллара США 28,6 рубля – 131,1 млн. рублей. В соответствии с выводами исследования компании ЗАО «ЭчЛБиПАКК-Аудит», общий размер ущерба государству как основному акционеру ОАО «Аэрофлот» по вышеуказанной сделке составил 78 236 тысяч рублей.