По материалам следствия, 25 февраля 2014 года Чубаров поручил своему заместителю Ахтему Чийгозу организовать массовые беспорядки у здания Верховного совета Автономной Республики Крым для срыва заседания, где планировалось рассмотрение вопроса об отчете республиканского правительства, и лично руководить участвующими в них сторонниками объединения. В результате массовых беспорядков было сорвано внеочередное заседание сессии депутатов Верховного совета Автономной Республики Крым, не менее 80 крымчан пострадали, двое из которых погибли.
В сентябре 2017 года Верховный суд Крыма приговорил Ахтема Чийгоза за организацию массовых беспорядков к восьми годам колонии общего режима. Ряд членов объединения осуждены за участие в массовых беспорядках. Также, по данным СК, весной 2015 года Чубаров в эфире одного из украинских телеканалов высказывал "призывы к осуществлению экстремистской деятельности против интересов Российской Федерации", а осенью 2015 года на территории Херсонской области Украины снова призывал к нарушению территориальной целостности РФ.
Справка:
Чубаров Рефат Абдурахманович родился 22 сентября 1957 года в городе Самарканде Узбекской ССР, куда его семья была выслана из крымского села Ай-Серез в 1944 году в ходе депортации крымских татар.
В 1983 году окончил Московский историко-архивный институт по специальности «историк-архивист».
В 1968 году вместе с родителями вернулся в Крым.
В 1975 году работал каменщиком в/ч 73613 в Тирасполе.
С ноября 1975 года по ноябрь 1977 года служил в Советской армии.
С 1983 по 1984 год — архивист и старший архивист, а с 1984 года по 1991 год — директор, старший научный сотрудник Центрального государственного архива Октябрьской революции и социалистического строительства в Риге.
В 1989 году стал депутатом Рижского городского Совета народных депутатов от фракции Народный фронт Латвии.
С 1990 по 1991 год был членом Государственной комиссии по проблемам крымско-татарского народа при Совете Министров СССР.
В 1994 году стал депутатом Верховного Совета Автономной Республики Крым. Был членом, а затем председателем постоянной комиссии Верховного Совета АРК по национальной политике и проблемам депортированных граждан.
С июля 1995 по апрель 1998 года — заместитель председателя Верховного Совета Автономной Республики Крым.
В 1998 году стал депутатом Верховной Рады Украины от Народного Руха. Чубаров был главой подкомитета по вопросам депортированных народов, национальных меньшинств и жертв политических репрессий комитета Верховной Рады Украины по вопросам прав человека, национальных меньшинств и межнациональных отношений.
С 2000 по 2002 год занимал должность первого заместителя председателя комитета Верховной Рады Украины по вопросам прав человека, национальных меньшинств и межнациональных отношений.
В 2002 году стал народным депутатом Верховной Рады Украины от блока партий «Наша Украина» (номер 61 в избирательном списке). Также стал первым заместителем председателя Комитета по вопросам прав человека, национальных меньшинств и межнациональных отношений.
С 2006 года по 2007 год — депутат Верховной Рады Украины V созыва от блока «Наша Украина». Также работал секретарём комитета по вопросам прав человека, национальных меньшинств и межнациональных отношений.
В мае 2009 года стал президентом Всемирного конгресса крымских татар.
С ноября 2010 года — депутат Верховного Совета Автономной Республики Крым 6-го созыва, возглавлял партийный список Народного руха Украины.
С ноября 2013 года является председателем запрещенного в России экстремистского объединения Меджлиса крымско-татарского народа.
4 мая 2014 года прокурор Республики Крым Наталья Поклонская вынесла предупреждение Чубарову о недопущении «ведения экстремистской деятельности».
5 июля 2014 года ему запретили въезд на территорию России сроком на пять лет.
В октябре 2014 года он не прошёл в Верховную Раду Украины по спискам Блока Петра Порошенко, однако в мае 2015 года стал народным депутатом, ввиду назначения депутата Степана Барны на должность главы Тернопольской областной администрации.
С 9 января по 16 апреля 2015 года являлся председателем конкурсной комиссии по избранию директора Национального антикоррупционного бюро Украины.
В мае 2015 года в отношении Рефата Чубарова УФСБ по Крыму и Севастополю сообщило о возбуждении уголовного дела по ч.2 ст.280.1 УК РФ («Публичные призывы к осуществлению действий, направленных на нарушение территориальной целостности РФ, совершенные с использованием СМИ»).
В ноябре 2015 года Интерпол прекратил инициированный Россией международный розыск Чубарова.
1 ноября 2018 года был включен в список украинских физических лиц, против которых российским правительством введены санкции.
1 июня 2021 года был признан Верховным судом Крыма виновным по 280 и 280.1 УК РФ и приговорен к шести годам тюрьмы заочно.
