При вынесении приговора суд частично удовлетворил гражданский иск родственников Политковской. Они требовали компенсацию в размере десяти миллионов рублей, а судья обязал Павлюченкова выплатить им три миллиона. Ранее сам подсудимый говорил, что согласен с требованием потерпевших. В то же время его адвокаты настаивали на распределении компенсации между его подзащитным и остальными фигурантами, дела которых пока не рассмотрены.
Прокурор требовал для экс-сотрудника МВД Павлюченкова двенадцать лет лишения свободы. Защита настаивала на условном сроке. Адвокаты подчеркивали, что Павлюченков заключил сделку со следствием, которая очень помогла правоохранительным органам. Кроме того, он является инвалидом и имеет множество государственных наград. Адвокат Карен Нерсесян заявил, что некоторые влиятельные лица получали условные сроки и за худшие преступления.
В ходе судебного заседания Павлюченкову стало плохо, ему вызвали скорую помощь. После оказания помощи судья объявил, что состояние подсудимого расценивается как удовлетворительное, он может участвовать в процессе.
Журналистка «Новой газеты» Анна Политковская была застрелена в Москве осенью 2006 года. Дело об убийстве впервые рассматривалось в 2008-2009 годах, но присяжные оправдали подсудимых. Павлюченков на первом процессе был свидетелем.
Во время повторного расследования фигурантами дела, помимо Павлюченкова, стали братья Махмудовы (Рустам, Ибрагим и Джабраил) и криминальный авторитет Лом-Али Гайтукаев. Непосредственным исполнителем убийства считают Рустама Махмудова. Павлюченков попал на скамью подсудимых раньше сообщников благодаря сделке со следствием.