Расследование дела началось после того, как на его будущих фигурантов дал показания их сослуживец — ведущий специалист отдела геоэкологических изысканий (ОГЭИ) ООО «Спецметропроект» Петр Хомяков. До этого в отношении него и ряда других лиц было возбуждено уголовное дело за участие в экстремистской организации «Северное братство» (запрещена в России.— «Ъ»), члены которой собирались свергнуть власти в стране путем организации «бархатной революции».
Уже после задержания подследственный Хомяков для смягчения наказания заключил досудебное соглашение о сотрудничестве с Генпрокуратурой РФ, подробно рассказав о хищениях при проектировании ЦКАД. В частности, он сообщил, что в ходе изыскательских работ по строительству автодороги вокруг Москвы было присвоено порядка 8,8 млрд рублей.
