Манаков был военным летчиком, а в 1985 году его отобрали для работы по программе "Буран". Первый полет в космос он совершил в 1990-м году в качестве командира экипажа "Союз ТМ-10". Тогда он провел на орбите 130 суток.
Второй полет состоялся в 1993 году (179 суток) на корабле "Союз ТМ-16". Всего Манаков совершил три выхода в открытый космос общей продолжительностью 12 часов 43 минуты.
Справка:

Манаков, Геннадий Михайлович родился 1 июня 1950 года в селе Ефимовка (Андреевский (ныне Курманаевский) район, Чкаловская область, РСФСР, СССР).
В 1967—1969 учился в Куйбышевском авиационном институте, проходил авиационную подготовку в школе ДОСААФ в Куйбышеве.
В 1969—1973 учился в Армавирском высшем Краснознамённом военном авиационном училище лётчиков противовоздушной обороны (АВВАКУЛ), окончил его с отличием и золотой медалью по специальности «командная истребительная авиация» с присвоением квалификации лётчика-инженера.
В 1985 окончил вечернее отделение факультета самолётостроения Ахтубинского филиала Московского авиационного института им. Серго Орджоникидзе «Взлёт».
С 13 ноября 1973 года — лётчик 636-го истребительного авиационного полка (ИАП) 9-й дивизии ПВО, Краматорск Донецкой области, Киевский округ ПВО.
С 25 ноября 1974 года — лётчик 894-го ИАП 19-й дивизии ПВО.
С 17 марта 1975 года — старший лётчик 636-го ИАП 9-й дивизии 8-й отдельной армии ПВО, Краматорск, освоил пилотирование самолёта Су-15ТМ.
С 5 ноября 1975 года — старший лётчик 865-го ИАП Дальневосточного округа ПВО, Елизово Камчатской области.
С 14 июня 1976 года — заместитель командира авиационной эскадрильи по политчасти того же полка.
С 9 августа 1978 года — заместитель командира авиационной эскадрильи по политчасти 153-го ИАП 16-го корпуса ПВО Московского округа ПВО, Моршанск Тамбовской области.
С 21 декабря 1979 года направлен на подготовку в 267-й Центр испытания авиационной техники и подготовки лётчиков-испытателей. В дальнейшем — лётно-испытательская и космическая служба.
С 8 августа 1980 года — лётчик-испытатель 5-й авиационной испытательной эскадрильи службы лётных испытаний бомбардировочной авиации 1-го управления Государственного Краснознамённого научно-исследовательского института (ГКНИИ) ВВС.
С 8 января 1981 года — лётчик-испытатель 4-й авиационной истребительной эскадрильи службы лётных испытаний истребителей-перехватчиков ПВО и самолётов фронтовой авиации.
С 15 июля 1983 года — ведущий инженер, старший лётчик-испытатель эскадрильи службы лётных испытаний истребителей-перехватчиков ПВО и самолётов фронтовой авиации.
За время службы освоил пилотирование самолётов МиГ-21, МиГ-23МЛ, МиГ-23П, МиГ-25, МиГ-27К, МиГ-27Д, МиГ-29, Су-15ТМ, Су-17М-3, Су-22М-3, Су-25, М-17.
В 1985 году отобран в ГКНИИ ВВС для работы по программе «Буран». Прошёл медицинское обследование в Центральном военном научно-исследовательском авиационном госпитале (ЦВНИАГ) и получил заключение Центральной врачебно-летной комиссии (ЦВЛК) в июне 1985 года.
2 сентября 1985 года решением Государственной межведомственной комиссии (ГМВК) отобран в качестве кандидата в космонавты от ГКНИИ ВВС.
С ноября 1985 по май 1987 года — общекосмическая подготовка методом сборов в Центре подготовки космонавтов (ЦПК) имени Ю.А.Гагарина, в мае 1987 года присвоена квалификация космонавта-испытателя. Из-за срыва выполнения программы «Буран» 8 января 1988 года приказом министра обороны СССР зачислен во 2-ю группу отряда космонавтов ЦПК ВВС на должность космонавта-испытателя.
В 1988—1989 годах — подготовка в группе космонавтов по программе полётов на орбитальном комплексе (ОК) «Мир».
С февраля по сентябрь 1989 года — подготовка к полёту на ОК «Мир» в качестве командира резервного экипажа совместно с Г.М.Стрекаловым и В.В.Заболотским.
С сентября 1989 по январь 1990 года — подготовка по программе 6-й основной экспедиции (ЭО-6) на ОК «Мир» в качестве командира дублирующего экипажа совместно с Г.М.Стрекаловым.
В апреле — июле 1990 года — подготовка по программе 7-й основной экспедиции (ЭО-7) на ОК «Мир» в качестве командира основного экипажа совместно с Г.М.Стрекаловым.
1 августа 1990 года стартовал в космос в качестве командира экипажа транспортного корабля «Союз ТМ-10» по программе 7-й основной экспедиции (ЭО-7) на орбитальном комплексе «Мир» и программе советско-японского космического полёта совместно с Г.М.Стрекаловым. Стал 229-м человеком в мире и 69-м в СССР, вышедшим на околоземную орбиту.
29 октября 1990 года совершил выход в открытый космос продолжительностью 2 часа 45 минут для ремонта наружного люка шлюзовой камеры модуля «Квант-2». С помощью струбцин удалось закрыть люк, но исправить его петлю не удалось.
10 декабря 1990 года возвратился на Землю совместно с Г.М.Стрекаловым и японским космонавтом Тоёхиро Акиямой. Продолжительность полёта 130 суток 20 часов 35 минут.
10 февраля 1992 года — начало подготовки по программе 12-й основной экспедиции (ЭО-12) на ОК «Мир» в качестве командира резервного (третьего) экипажа совместно с А.Ф.Полещуком.
С 16 сентября 1992 по 10 января 1993 года — подготовка к полёту по программе 13-й основной экспедиции (ЭО-13) на ОК «Мир» в качестве командира основного экипажа совместно с А.Ф.Полещуком.
24 января 1993 года стартовал в качестве командира экипажа ТК «Союз ТМ-16» и ОК «Мир» по программе 13-й основной экспедиции (ЭО-13) совместно с А.Ф.Полещуком. Во время полёта совершил два выхода в открытый космос. Продолжительность полёта составила 179 суток 00 часов 43 минуты.
С 14 февраля по август 1995 — подготовка к полёту по программе 20-й основной экспедиции (ЭО-20) в качестве командира дублирующего экипажа совместно с П.В.Виноградовым и шведским космонавтом Кристером Фуглесангом.
С октября 1995 по июль 1996 — подготовка по программам 22-й основной экспедиции (ЭО-22), российско-американской экспедиции NASA-3 и «Кассиопея» в качестве командира основного экипажа совместно с П.В.Виноградовым, Джоном Блахой (США) и Клоди Андре-Деэ (Эньере) (Франция).
20 декабря 1996 года отчислен из отряда космонавтов по состоянию здоровья.
С 20 декабря 1996 — начальник 32-го отдела 3-го управления Российского государственного научно-исследовательского испытательного Центра подготовки космонавтов имени Ю.А.Гагарина (РГНИИ ЦПК).
С 27 ноября 1997 — начальник 2-го управления РГНИИ ЦПК.
4 июля 2000 года приказом министра обороны РФ уволен в запас.
Герой Советского Союза (10 декабря 1990) с вручением медали «Золотая Звезда» и награждением орденом Ленина. Лётчик-космонавт СССР (10 декабря 1990). Офицер ордена Почётного легиона (Франция) (1992).
Награжден Орденом Дружбы народов (23 июля 1993), Орденом «За военные заслуги» (2 марта 2000), Медалью «За заслуги в освоении космоса» (12 апреля 2011 года).