Батагай, расположенный на правом берегу реки Яна, является административным центром Верхоянского района. Кроме того, Батагай - транспортный узел района, связанный с другими населенными пунктами водным и автодорожным сообщением.
Пассажирам, совершившим перелет по маршруту Батагай – Якутск, авиакомпания «Якутия» предлагает продолжить путешествие из международного аэропорта «Якутск». Из столицы республики авиакомпания выполняет рейсы во многие города России и международные вылеты.