В 1948 году Фердинандо совместно со своей супругой организовал «Балет Алисии Алонсо» — ныне Национальный балет Кубы. Он возглавлял компанию до 1974 года.
В 1962 году Фернандо Алонсо основал Национальную школу балета, директором которой являлся до 1968 года. Школа способствовала распространению классического танца, в ней сформировалось целое поколение танцовщиков и педагогов.
Фернандо Алонсо преподавал в крупных компаниях, школах и академиях России, Франции, Бельгии, Болгарии, Канады, США, Мексики и Колумбии. В 1975 году он был назначен директором балета кубинской провинции Камагуэй, а в 1992-м — Национального ансамбля танца Мексики, которым руководил до 1998 года.
До последнего момента Фернандо Алонсо продолжал преподавать в Национальной школе балета Кубы, а также в танцевальных центрах Америки и Европы в качестве приглашенного профессора.