Согласно закону, НКО может быть подвергнута внеплановой проверке, если истек срок устранения нарушения, установленный некоммерческой организации уполномоченным органом. Еще одним основанием для проверки может стать поступление информации о нарушении НКО правил ее деятельности или о наличии в ее деятельности признаков экстремизма.
Кроме того, дополнительным основанием для проверки может стать поручение Президента или Правительства России, либо специальное требование прокурора.