Выходец из образованной и зажиточной семьи русских дальневосточников, Евгений Аксенов родился в 1924 году в маньчжурском Харбине, куда его родители бежали от Гражданской войны. В 40-х годах он приехал в Токио, а после войны создал в центре столицы международную клинику, где уже десятки лет бесплатно лечил неимущих разных национальностей, материально помогая небогатым пациентам.
В качестве известного в Токио врача, свободно говорящего на многих языках, Аксенов оказывал медицинскую помощь самому широкому кругу знаменитостей. Среди его пациентов – Михаил Горбачев, Мадонна и Майкл Джексон, бывший французский президент Жак Ширак, Галина Вишневская и Мстислав Ростропович.
В 2011 году занимавший тогда пост главы администрации президента России Сергей Нарышкин вручил Аксенову Орден Дружбы, отметив, что знаменитый доктор много сделал для укрепления профессиональных обменов между медиками двух стран.
Евгений Аксенов - один из организаторов и руководителей Координационного совета соотечественников в Японии, почетный председатель Делового совета соотечественников.