Минтрансу России совместно с Минэкономразвития России, Минрегионом России, Минпромторгом России, ФАС России и ФСТ России и с участием иных заинтересованных федеральных органов исполнительной власти поручено обеспечить реализацию Стратегии. Органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации в пределах своей компетенции при формировании региональных программ развития рекомендовано предусматривать меры по реализации мероприятий, предусмотренных Стратегией.
Стратегия включает в себя два этапа. Первый – этап модернизации железнодорожного транспорта (2008 - 2015 годы) предусматривает обеспечение необходимых пропускных способностей на основных направлениях перевозок, коренную модернизацию существующих объектов инфраструктуры, обеспечение перевозок подвижным составом с исключением парков с истекшим сроком службы, разработку новых технических требований к технике и технологии, начало проектно-изыскательских работ и строительство новых железнодорожных линий, а также строительство первоочередных железнодорожных линий.
Второй – этап динамичного расширения железнодорожной сети (2016 - 2030 годы) предусматривает создание инфраструктурных условий для развития новых точек экономического роста в стране, выход на мировой уровень технологического и технического развития железнодорожного транспорта и повышение глобальной конкурентоспособности российского железнодорожного транспорта.