Регулярные рейсы по маршруту Москва (Внуково) – Махачкала – Москва (Внуково) будут выполняться по пятницам и воскресеньям на самолетах Boeing-737/700 и Boeing-737/800. По пятницам из столицы вылеты будут выполняться в 07:40 часов, по воскресеньям – в 17:20. Время вылета из Махачкалы в Москву по пятницам – в 11:10, по воскресеньям – в 20:50.
В 2019 году АК «Якутия» выполнила более 12 тысяч рейсов, перевезла более 700 тысяч пассажиров. В 2020 году в связи с пандемией COVID-19, авиакомпания ввела беспрецедентные меры безопасности на борту воздушных судов, продолжая выполнять регулярные рейсы.
Во время пандемии авиакомпания «Якутия» занималась вывозом соотечественников из других стран, а также из регионов России, доставляя их в места назначения. По России было совершено более семидесяти рейсов в 32 города, из других стран на родину авиакомпания вернула 542 человека.