В 1914 году, возвращаясь из Берлина в Санкт-Петербург, он умер здесь от воспаления почек. Похоронен на кладбище церкви во имя Святой Троицы села Никандрово Новгородской области (тогда село относилось не к Любытинскому, а к Боровичскому уезду).
По информации советника-консультанта постпредства Михаила Погодаева, в Никандрове побывали постоянный представитель РС(Я) в Северной столице Галина Макарова и главный архитектор Якутска Николай Алексеев. Он приезжал на съезд главных архитекторов городов и субъектов России. Воспользовавшись оказией, решили съездить на место захоронения.
Дело в том, что мэр Якутска Юрий Заболев решил профинансировать установку памятника, поскольку Крафт был первым почетным гражданином города Якутска. Поэтому он командировал главного архитектора для осмотра и фотографирования места захоронения в целях разработки эскиза и проекта памятника.
Гостей встречали глава Любытинского района Владимир Кобяков, а также главный архитектор района, директор музея и священник местной церкви. Эта церковь в советские годы была разрушена. Сейчас ее восстановили местные жители и меценаты.
Могила Крафта тоже пострадала. Надгробие было сделано из чугуна, а во время гражданской войны металл, видимо, понадобился на пушки. Поэтому пока на месте захоронения надгробия практически нет.
Остается надеяться, что процесс создания памятника не затянется, и место упокоения якутского губернатора на новгородской земле будет приведено в божеский вид.
