Три «проблемных» участка: пласт "Мощный" Нерюнгринского месторождения, "Джебарики-Хая" и "Кангаласское" месторождение. По данным Росприроднадзора, здесь не выполнены предусмотренные объемы добычи угля, не соблюдены требования техпроектов и техдокументации, нет ряда проектных документов, не установлены требования к ведению геологической документации.
На втором нерюнгринском месторождении (пласты "Пятиметровый" и "Промежуточный") работы не ведутся, поскольку оно не введено в эксплуатацию и не начато строительство инфраструктуры.
Нет вопросов у Росприроднадзора к «Якутуглю» по северо-западному участку Эльгинского месторождения; месторождению "Пионерское"; участкам междуречий Ундыткан-Укикит и Ундытын-Ундыткан и верховью ручья Укикит.