Смета расходов на строительство АЯМа, составленная в 2005 году, составляла 15 млрд. рублей. Из них 9 млрд. выделяло правительство Якутии, 2 млрд. рублей – федеральный центр, 4 млрд рублей – ОАО «РЖД».
В октябре 2008-го был проведен новый тендер, в результате которого правительство Якутии заключило контракт с ЗАО «Инжиниринговая корпорация «Трансстрой» на строительство участка Томмот – Нижний Бестях ценой 34,5 млрд. рублей. Здесь Якутия взяла на себя 14,8 млрд рублей, остальное – федеральный центр и РЖД.
Вязовский не исключает, что после выделения правительством РФ 562 млрд. рублей на реконструкцию БАМа и Транссиба, затраты на строительство Амуро-Якутской магистрали могут увеличиться.
Главным «узким» местом АЯМа остается строительство железнодорожного моста через реку Лену. С точки зрения развития грузового сообщения, магистраль строится для решения проблем Северного завоза и транспортировки полезных ископаемых, в том числе ОАО ХК «Якутуголь».