Александр Щербатюк подозревается в злоупотреблении должностными полномочиями, в результате которого институт не получил более 7,5 млн рублей,
По версии следствия, в период с октября 2016 года по июль 2018 года директор заключил от имени института контракт с иностранной компанией на изготовление автономного необитаемого подводного аппарата на сумму свыше 17,5 млн рублей, хотя знал, что материальное обеспечение института это не позволяет, не было и достаточно сотрудников, необходимых для производства аппарата, что фактически работы будут выполняться за счет особо ценного недвижимого имущества и имущества, находящегося в оперативном управлении института, а также с помощью работников института. Кроме того, он заключил договор субподрядных работ на 6 млн рублей, а через несколько месяцев увеличил его стоимость еще на 10 млн рублей. Кроме того, им было заключено несколько договоров подряда с рабочими института в общей сложности свыше 2,5 млн рублей.
В результате указанных действий подозреваемого свыше 7,5 млн рублей не поступили в распоряжение института в виде доходов, как это предусмотрено уставом.