В конце июля 2014 года Федеральное агентство воздушного транспорта РФ запретило продажи билетов на рейсы авиакомпании. Решение принято по итогам внеплановой проверки перевозчика в связи с массовыми задержками рейсов из-за долгов по топливу.
В результате проверки выявлено неудовлетворительное финансовое состояние «Московии». Задолженность авиакомпании по заработной плате перед персоналом составляет 42 миллиона рублей. Кроме того, компания так и не смогла в течение длительного времени увеличить свой парк воздушных судов до восьми единиц. Таково минимальное количество, требуемое Росавиацией для выполнения регулярных перевозок пассажиров.
«Московия» полностью прекратила полеты 29 августа 2014 года.