Следствием получены достоверные данные о том, что после начала совместной проверки прокуратуры и УЭБиПК подозреваемый приобрел авиабилет в город Москву, однако его попытка выехать за пределы республики была пресечена совместными действиями оперативных сотрудников МВД и следователей Следственного комитета.
По данным следствия, в 2013 году Попов дал незаконное указание подчиненным сотрудникам об уменьшении площади застройки здания школы №35, предназначенной для обучения инклюзивных детей. Здание школы не построено до сих пор, а незаконно освобожденный земельный участок использовали для строительства частной компанией многоквартирного жилого дома.
Кроме того, по данным следствия, корректировка проектно-сметной документации здания школьного учреждения при отсутствии законных оснований повлекла расходование бюджетных средств на сумму около 1 млн рублей.