Фигуранты дела обвиняются в организации растраты и растрате с использованием служебного положения в особо крупном размере (ч.3 ст.33, ч.4 ст.160 и ч.4 ст.160 УК РФ). Статья предусматривает наказание до 10 лет лишения свободы со штрафом в размере до 1 млн рублей.
По данным следствия, с 2014 по 2019 год Ишаев, используя служебное положение, организовал растрату более 7,5 млн рублей, принадлежащих ПАО "НК "Роснефть". Он обеспечивал заключение договоров по завышенной цене с подконтрольным ему ООО "Бейс" по аренде помещения площадью более 280 кв. м. Это помещение использовалось для нужд представительства "Роснефти" в Хабаровском крае, директором которого был Геннадий Кондратов. Он ввел в заблуждение членов закупочной комиссии о стоимости арендной платы и лично подписал договор, а затем перечислил деньги на расчетные счета ООО "Бейс". В результате этого Ишаев получил возможность распоряжаться ими по собственному усмотрению.
Ранее Верховный суд РФ признал законным свое раннее принятое решение о рассмотрении дела Ишаева в Замоскворецком суде Москвы. Защита бывшего губернатора пыталась оспорить изменение территориальной подсудности дела, инициированное Генпрокуратурой, но не преуспела.
Сам Ишаев хотел, чтобы суд над ним прошел в Хабаровске. Аргументом в пользу такой «судебной географии» стали материалы уголовного дела против экс-губернатора, в которых говорится, что он совершил растрату 7,5 млн рублей госкорпорации «Роснефть», будучи вице-президентом «Роснефти» на Дальнем Востоке с представительством в Хабаровске.