Ранее бывшему градоначальнику было заочно предъявлено обвинение по статье "Мошенничество в особо крупном размере, совершенное группой лиц" в связи с недопоставками ресурсоснабжающим организациям более 507 млн рублей. Позже обвинение в мошенничестве сняли, дело было переквалифицировано на часть 4 статьи 160 УК РФ (присвоение и растрата). Инкриминируемую экс-главе города сумму якобы присвоенных денежных средств снизили до 40 млн рублей.
2 декабря 2014 года Прокопенко был объявлен в федеральный розыск. 9 апреля 2015 года суд заочно арестовал его на два месяца. 12 марта 2019 года экс-глава администрации Саратова добровольно сдался властям, подав обращение с изложением своего мнения по расследуемому в отношении него делу, а 13 марта на основании постановления Кировского районного суда Саратова Прокопенко был направлен для содержания в СИЗО-1, передает "Интерфакс".
Справка:

Прокопенко Алексей Львович родился в 1962 году в Саратове.
В 1985 году окончил Саратовский политехнический институт.
Был первым секретарём Волжского райкома ВЛКСМ, позднее — вторым секретарём Саратовского обкома ВЛКСМ. Занимался общественной деятельностью, в 1990—1993 годах был депутатом.
В 1979-1985 годах был рабочим ремонтно-строительного управления, инженером Стройбанка.
В 1991—2006 годах занимался торговлей.
В 2002 и 2003 году выдвигался в депутаты, но его не поддержали.
С 2006 года возглавлял Заводской район Саратова.
В 2010 году назначен исполняющим обязанности главы администрации Саратова.
С 2011 по 2013 год — глава администрации Саратова.
В 2013 году стал фигурантом уголовного дела о мошенничестве в крупных размерах.
В 2014 году объявлен в федеральный розыск, позже суд заочно арестовал его. В течение четырех лет скрывался от следствия на территории России.
В марте 2019 года сам явился в следственный отдел по Октябрьскому району Саратова.