По версии следствия, в конце 2004 года Борис Шишолин, являясь первым заместителем генерального директора, председателем совета директоров Амурского судостроительного завода, в составе организованной преступной группы участвовал в хищении бюджетных денежных средств, выделяемых Минобороны РФ путем предоставления кредитов Сбербанком и погашаемых из бюджета по итогам выполнения этапов по достройке корабля. Хищение более 74,5 млн рублей было осуществлено через фиктивное предприятие путем необоснованного увеличения стоимости материалов от заводов-изготовителей.
Кроме того, Шишолин и другие участники организованной группы покушались на хищение более 18 млн рублей путем незаконного возмещения из бюджета РФ налоговых вычетов. Поскольку Шишолин скрылся от уголовного преследования и покинул территорию России, в январе 2010 года он был объявлен в международный розыск на территории всех стран - членов Интерпола. Его местонахождение долго оставалось неизвестным, а накануне швейцарская сторона проинформировала российские власти о готовности осуществить выдачу обвиняемого.
