В 2009 году Немцов вместе с Владимиром Миловым выпустили доклад "Лужков: итоги" о 17-летнем правлении мэра Москвы и о коррупции в городе. Мэрия и Лужков объявили, что будут судиться за клевету. Позже в "Коммерсанте" вышла статья об этом докладе и о грядущем судебном разбирательстве. В публикации пресс-секретарь мэра Сергей Цой отмечал, что Немцов и Лужков - "разновеликие фигуры": "Что их равнять?! Лужков — это фигура, а Немцов — ничего, в тысячекилометровом приближении не сравнится с мэром столицы".
Немцов в той же статье выражает готовность представить доказательства коррупции мэра в суде и добавляет: "Я абсолютно согласен с Цоем, что мы с Лужковым разновеликие фигуры: я считаю, что Лужков — коррупционер и вор, а я — нет!". После этого Лужков потребовал через суд опровержения фразы из доклада о том, что коррупция пронизывает практически все сферы деятельности исполнительной власти в Москве, а также слова Немцова из статьи "Коммерсанта" о том, что московский мэр - "вор и коррупционер".
Замоскворецкий суд признал эти утверждения клеветническими и взыскал с Немцова и ИД "Коммерсантъ" по 500 000 рублей компенсации в пользу Лужкова. Это решение подтвердил Мосгорсуд. Немцов летом 2010 года обжаловал эти решения в Страсбурге.
Борис Немцов был убит 27 февраля 2015 года на Большом Москворецком мосту в Москве. Юрий Лужков умер 10 декабря 2019 года в одной из мюнхенских клиник.
