Инфраструктура комплекса Байконур является собственностью Казахстана, а правительство РФ арендует его объекты. С 2004 года начался процесс поэтапной "демилитаризации" космодрома - за четыре года были расформированы до 30 воинских частей и подразделений. Первыми в ведение Роскосмоса были переданы стартовые и технические позиции.
Что касается военных пусков, то все больше вместо Байконура будет работать космодром Плесецк в Архангельской области. Он получит новые возможности по выведению космических аппаратов в связи с предстоящим завершением летных испытаний ракеты-носителя "Союз-2" и началом испытаний универсального ракетного комплекса "Ангара".