В криминальный скандал Митрофанов попал в мае 2013 года. Он подозревается в вымогательстве в особо крупном размере в составе организованной группы лиц. Помимо депутата, фигурантами дела проходят его помощник Александр Деревщиков, судебный пристав Али Кодзоев и Радиш Саутиев. Мошенники требовали от бизнесмена Вячеслава Жарова 200 тысяч долларов, пообещав добиться нужного ему решения в 9-м арбитражном апелляционном суде.
Саутиев и Деревщиков в ходе расследования заключили сделку со следствием. Приговором суда они оба были признаны виновными. Кодзоев находится в розыске. Митрофанов свою причастность к делу о мошенничестве отрицает. Защищенный депутатской неприкосновенностью, по делу он проходит пока в качестве свидетеля, хотя его присутствие на сделке зафиксировали камеры видеонаблюдения.