Как ранее писали «Известия», источники финансирования проекта не определены: возможны частные и государственные инвестиции. Предполагалось, что около 100 млрд рублей могут быть получены через повышенные тарифы для потребителей энергии в течение 15 лет (рост тарифов крупных потребителей составит 0,18 процента). В ассоциации «Сообщество потребителей энергии» тогда отметили, что нет никаких оснований субсидировать МТЭС за счет доплат с энергорынка.
Глава Минпромторга Денис Мантуров направил 9 февраля премьер-министру Михаилу Мишустину письмо с предложением финансировать проект за счет средств экосбора в рамках РОП (в размере 37 процентов прогнозируемой выручки).
28 декабря 2020-го была утверждена усовершенствованная концепция РОП, по которой производитель платит за утилизацию отходов от его продукции. По ней, «расходование средств экологического сбора должно обеспечивать создание экономических условий для обеспечения извлечения вторичных материальных ресурсов и их возврата в хозяйственный оборот по всей цепочке их раздельного накопления. Таким образом, направления расходования средств экологического сбора, предусмотренные концепцией совершенствования института РОП, отличны от таковых в рамках предложений министра промышленности и торговли РФ Д.В.Мантурова», говорится в письме Ильи Торосова в Минпромторг.