В 2005 году Браудеру был запрещён въезд в Россию. В 2006 году прекратилась деятельность его фонда в России.
С 2010 года возглавляет кампанию по расследованию кражи налога на прибыль, уплаченного фондом в российский бюджет по итогам 2006 года, и поиска убийц юриста фонда Сергея Магнитского, выявившего данную кражу.
В июле 2013 года приговором российского суда заочно осуждён к 9 годам колонии общего режима.