В частности, сотрудники контрольно-счетной палаты установили, что в столице построено меньше парковок, чем планировалось, а при работах по расширению проезжей части асфальт меняли в мороз во время снегопада — то есть, с прямым нарушением технологии строительства. В рамках транспортной программы планировалось отремонтировать восемь транспортных тоннелей и сооружений, а на деле починили только два из них. Аналогичная ситуация с подземными переходами и мостами: отремонтировано пять из пятнадцати.
Наибольшие убытки принесло строительство перегонного тоннеля от станции «Новогиреево» до «Новокосино»: оказался не принят во внимание тот факт, что на пути тоннеля стоит нефтепровод Ярославль-Москва. Теперь перегон придется перекладывать, что повлечет за собой дополнительные траты в 346 миллионов рублей.
В Счетной палате заявили, что контролировать выполнение программы затруднительно, поскольку соответствующий мониторинг никем не ведется, а департаменты-заказчики регулярно меняют целевые и финансовые показатели по своему усмотрению.