Своей плодотворной работой Счетная палата продолжила историю государственного финансового контроля в России, которая берет свое начало в XVII в. По велению царя Алексея Михайловича Романова тогда был создан Счетный приказ, в чьи задачи среди прочего входила проверка раздачи полкового жалованья солдатам русской армии. В годы правления Петра I при Правительствующем Сенате функционировала Ближняя Канцелярия, облеченная полномочиями по финансовому контролю, и Ревизион-контора, заведовавшая государственными счетами доходов и расходов и производившая суд над лицами, изобличенными в злоупотреблениях.
В XX в. эстафету государственного финансового контроля приняла Рабоче-крестьянская инспекция РСФСР, первым наркомом которой был Иосиф Сталин.
Сегодня Счетная палата - полноправный участник бюджетного процесса, обладающий достаточными полномочиями для эффективного контроля за государственными финансами и имуществом. В 2013 г. к основным финансовым полномочиям СП добавились: аудит государственных программ, аудит достижения стратегических целей социально-экономического развития РФ, экспертиза проектов федеральных законов, международных договоров, документов стратегического планирования и иных документов, затрагивающих вопросы формирования, управления и распоряжения федеральными и иными ресурсами, а также вопросы бюджетно-финансовой политики и совершенствования бюджетного процесса.
Счетная палата также получила право обращаться к субъектам законодательной инициативы с предложениями о совершенствовании бюджетного законодательства и развитии финансовой системы страны. Одной из ключевых стала норма, согласно которой правоохранительные органы теперь в обязательном порядке должны информировать СП о ходе рассмотрения переданных им материалов по итогам проверок.
В 2014 г. Счетная палата получила право проводить проверки правильности и эффективности использования негосударственными пенсионными фондами и страховыми медицинскими организациями передаваемых им государственных средств - страховых взносов на обязательное социальное страхование. Счетная палата также может проводить экспертизу и готовить заключения на законопроекты, принятие которых может привести к изменению доходов федерального бюджета и бюджетов государственных внебюджетных фондов.
Счетная палата занимает лидирующие позиции в мировом аудиторском сообществе, являясь членом международной, европейской и азиатской организаций высших органов финансового контроля (ИНТОСАИ, ЕВРОСАИ и АЗОСАИ) и входя в состав их Управляющих советов. По инициативе Счетной палаты был создан и вот уже 14 лет успешно функционирует Совет руководителей высших органов финансового контроля государств СНГ. Плодотворно развиваются отношения с зарубежными высшими органами финансового контроля (ВОФК). В настоящее время заключены и действуют соглашения о сотрудничестве с контрольными органами 67 стран. Представители Счетной палаты работают в составе более 20 руководящих и рабочих органов международных организаций ВОФК.