По данным «Известий», следователям поступило обращение с просьбой «изучить информацию об имевших место действиях Нагинского в сфере реализации военного имущества и договорной деятельности Министерства обороны с «Титан-2» и поставок твердого топлива в 2010–2013 годах в ИК «Таврический». Следователей также попросили выяснить, не было ли коррупционной составляющей при строительстве Ленинградской АЭС, которую возглавляемый Нагинским «Спецстрой» возводит по заказу госкорпорации «Росатом».
По свидетельству бывшего начальника ФГУП «ПРП» Минобороны Сергея Галинича, который не сработался с командой Сердюкова, Нагинский фактически был «серым кардиналом» реформы «Оборонсервиса» по-сердюковски.
