По версии следствия, с 2011 по 2013 год судостроительный завод проводил сделки с организациями, имеющими признаки фирм-однодневок. Благодаря этому у предприятия возникали формальные основания для увеличения затрат по приобретению товарно-материальных ценностей, что являлось основанием для снижения налогооблагаемой базы по налогу на добавленную стоимость и налогу на прибыль.
Следователи также считают, что в 2011 году завод предоставил в налоговые органы декларацию с необоснованно сниженной налоговой базой полученного аванса в счет оплаты госконтракта. Установлено занижение заводом суммы внереализационных доходов в результате неисчисления процентов по договору займа физлицу и завышение суммы вне реализационных расходов в результате неправомерного списания дебиторской задолженности по контракту с одной из строительных компаний.
