За годы войны на фронт были призваны 175 тысяч забайкальцев, 13 тысяч женщин мобилизованы на промышленные и транспортные предприятия региона. В Забайкалье выпускали ручные гранаты, огнеметы, плавбазы, торпедные баржи и военные полушубки. В регионе размещались 35 госпиталей.
15 сентября 1941 года был образован Забайкальский фронт, ставка которого располагалась в Чите. Войска фронта участвовали в разгроме Квантунской армии.
2 сентября 1945 года в Токийской бухте на борту американского линкора "Миссури" был подписан Акт о безоговорочной капитуляции японских вооруженных сил.