Первые случаи в этом году были зарегистрированы в Новосибирской, Омской, Ярославской, Свердловской области и Алтайском крае. Основная масса, более двух третей — в Южном и Северокавказском федеральных округах.
На Дальнем Востоке распространен агрессивный штамм, вызывающий наиболее тяжелые осложнения при заболевании. Здесь чаще, чем в европейской части, фиксируется развитие параличей и парезов, больше летальных исходов.
С 15 по 19 апреля 2013 г. первая активность энцефалитного клеща также была отмечена в Приамурье и Приморье, Удмуртии, Кузбассе и Омской области.