По данным следствия, в 2013 году Попов дал незаконное указание своим подчиненным об уменьшении площади застройки здания инклюзивной школы №35. Освобожденный участок планировалось отдать частной строительной компании под постройку многоквартирного жилого дома. Здание школы так и не было построено, что повлекло нарушение прав детей- инвалидов на получение образования. Кроме того, на корректировку проектно-сметной документации школы без законных оснований был израсходован 1 млн рублей из бюджетных средств.