По версии следствия, в 2011–2013 годах Агаев неоднократно давал указания главному бухгалтеру ГУ «Дирекция молодежных жилищно-строительных программ» и бухгалтеру составлять заявки, которые затем направлялись в управление Федерального казначейства по республике. В итоге бюджетные денежные средства размере 199 млн. рублей по указанию Агаева были сняты с расчетного счета учреждения и переданы ему. Распорядился ими он по своему усмотрению. Кроме того, поручил бухгалтеру составить ложные документы о расходах.
Ранее в отношении Агаева уже было возбуждено уголовное дело по факту превышения должностных полномочий: из 22 млн рублей, предназначенных для финансирования ФЦП «Жилище» на 2002–2010 годы, он необоснованно перевел на внебюджетный счет Дирекции молодежных жилищно-строительных программ более 2,8 млн рублей, которые потом были перечислены на счета коммерческих фирм. По этой причине шесть участников подпрограммы «Обеспечение жильем молодых семей» ФЦП «Жилище» лишились права на субсидию на строительство и приобретение жилья.
В настоящее время подозреваемый задержан. Следствием решается вопрос об избрании в отношении него меры пресечения в виде заключения под стражу.
