Дело возбуждено по признакам ч. 4 ст. 160 УК («Присвоение или растрата, совершенные в составе преступной группы в особо крупном размере»).
Объектом расследования стала цепочка сделок, в результате которой «Центр Хруничева» в 2008 году получил контроль над американской фирмой International Launch Services (ILS), которой принадлежат глобальные права на маркетинг пусковых услуг с помощью «Протонов» и «Ангары». Следователи подозревают, что Нестеров и ряд причастных к сделке лиц впоследствии распределили между собой $212 млн — заработок офшора ST на сделке между Lockheed и «Центром Хруничева».
Владимир Нестеров был уволен с поста гендиректора «Центра Хруничева» летом 2012 года после нескольких аварий при запусках «Протонов». До последнего времени он в должности главного конструктора руководил созданием ракетного комплекса «Ангара». После успешного начала летных испытаний «Ангары» тяжелого класса Нестеров решил покинуть предприятие: 30 декабря его последний рабочий день.