Фомина арестовали в октябре 2016 года. По версии следствия, в июле 2015 года начальник ЗабЖД через посредника незаконно получил в собственность от гендиректора одной из коммерческих организаций автомобиль Toyota Land Cruiser 100 стоимостью более 1,8 млн рублей. Фомин получил иномарку в подарок за заключение с фирмой договора на обслуживание.
Кроме того, в 2013 и 2015 годах Фомин незаконно устроил своего сына на одну из должностей на ЗабЖД, зная, что тот фактически не будет выполнять свои обязанности. В результате сын обвиняемого за три года получил в качестве зарплаты и премий более 5 млн рублей. Также Фомин в личных целях использовал служебно-технический вагон, причинив этим ущерб в 800 тыс. рублей.
Помимо этого, при обыске в доме бывшего начальника ЗабЖД найдены оружие и боеприпасы. Правоохранители выяснили и то, что в 2015-2016 годах Фомин, его сын и второй обвиняемый пять раз съездили в Екатеринбург и Монголию в личных целях, оформляя поездки как командировки и получив около 700 тыс. рублей на командировочные расходы.
