В 2007 году Тверской суд Москвы признал Тугушева, а также бывшего начальника управления Минимущества Ленара Зинатулина, бывшего замначальника административно-хозяйственного управления ОАО "РЖД" Андрея Лыскова и Владимира Чекунова виновными в мошенничестве.
Под данным СМИ, Тугушев обвиняется в попытке "рейдерского захвата" трети крупного рыболовного предприятия "Карат" общей стоимостью в 1,5 млрд долларов. Правоохранительные органы считают, что экс-замглавы Госкомрыболовства в сговоре с сообщником по телефону угрожал и требовал у бизнесмена Виталия Орлова передать им акции предприятия.
Тугушев получил 6 лет колонии, остальные фигуранты дела по 5,5 года заключения каждый. Им также были назначены штрафы в размере до 1 млн рублей. Кроме того, суд удовлетворил гражданский иск в размере 3 млн 630 тыс долларов, заявленный потерпевшим Сергеем Александровым – руководителем фирмы, которому подсудимые обещали распределить квоты на использование водных биоресурсов.
Справка:
Тугушев Александр Иванович родился 25 октября 1965 года в Рязани.
В 1989 году окончил Мурманское высшее инженерное морское училище.
После окончания училища до 1990 года был помощником капитана судна в компании «Мурманский траловый флот».
В 1990-1998 годах — сотрудник рыбопромышленных предприятий «Сигма», СП «Кона Интернейшнл», СП «Совинтрейд ЛТД», АОЗТ «Карат».
В 1998-1999 годах — директор ЗАО «Мурманский траловый флот-3», входящего в концерн с одноименным названием.
В 1999-2002 годах — вице-президент консорциума «Мурманский траловый флот».
В 2002–2003 годах — президент «Мурманрыбпрома».
22 сентября 2003 года распоряжением главы правительста РФ Михаила Касьянова назначен заместителем председателя Госкомрыболовства (ГКР) России, входил в коллегию ГКР.
18 марта 2004 года распоряжением правительства назначен председателем ликвидационной комиссии в Госкомрыболовстве в связи с его преобразованием в Федеральное агентство по рыболовству при Минсельхозе.
В июне 2004 года Александра Тугушева арестовали. Заявление против него подала дальневосточная компания «Поллукс», которой Тугушев якобы обещал выделить квоты на вылов 50 000 тонн минтая за взятку в 3,7 миллиона долларов, но получил «Поллукс» квоту только на 7000 тонн.
В феврале 2007 года Тугушева и его подельников суд признал виновными в вымогательстве и мошенничестве. Бывший замглавы Госкомрыболовства получил шесть лет тюрьмы.
В декабре 2009 года вышел на свободу.
В 2016 году написал заявление в правоохранительные органы Мурманска о хищении у него акций «Альмор Атлантики». Уже в декабре его арестовали во второй раз и отправили под домашний арест. Он обвиняется в вымогательстве у владельца крупнейшей в России рыбопромышленной компании «Норебо» Виталия Орлова акций управляющей компании «Карат», через которую Орлов владеет «Норебо».
