Чварков обвиняется в совершении мошенничества в особо крупном размере по восьми эпизодам преступления (ч.4 ст.159 УК РФ). В период предварительного следствия Чварков обвинялся в том, что после подписания госконтракта на 400 млн рублей, заключенного между Военной академией Генштаба и АО "НПО "Русбитех", "разработал схему по хищению денежных средств с предпринимателями". Речь идет о закрытом госконтракте на оказание военной организации специальных технических услуг в период с 2015 по 2017 год.
По результатам расследования генералу предъявили обвинение в окончательной редакции в том, что, находясь на посту замначальника Военной академии Генштаба по научной работе, он похитил у семи подчиненных зарплату в размере 4,3 млн рублей. Потерпевшей стороной по уголовному делу изначально было признано министерство обороны РФ, затем - семеро подчиненных генерала, от имени которых получались денежные средства.
Справка:

Чварков Сергей Васильевич родился 28 мая 1961 года в Саратове.
В 1983 году окончил Саратовское высшее военное командно-инженерное училище ракетных войск имени Героя Советского Союза генерал-майора Лизюкова А.И. Инженер-ракетчик Сухопутных войск.
С июля 2011 года - начальник Главного управления по работе с личным составом Вооруженных Сил Российской Федерации.
4 октября 2013 года назначен заместителем начальника Военной академии Генерального штаба ВС РФ по учебной работе.
С мая по сентябрь 2016 года — начальник Координационного центра по примирению враждующих сторон на территории Сирийской Арабской Республики.
Доктор военных наук, профессор.
В составе коллектива авторов (Анисимов Е.Г., Анисимов В.Г., Налетов Г.А,), награждён дипломом III степени за монографию «Основы теории эффективности боевых действий ракетных войск и артиллерии».
Будучи преподавателем Военной академии Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации получил грант Благотворительного фонда В.Потанина в 2005—2006 учебном году.
С августа 2017 года, на время служебной командировки в Сирию начальника академии, Чварков является врио начальника Военной академии Генерального штаба по должности.