Ходорковский и Лебедев были арестованы в 2003 году. В мае 2005 года в рамках первого дела о неуплате налогов их приговорили к девяти годам лишения свободы по обвинению в мошенничестве и неуплате налогов. Позже Мосгорсуд снизил наказание до восьми лет каждому.
Незадолго до завершения первого судебного процесса стало известно о втором уголовном деле в отношении Ходорковского и Лебедев. В декабре 2010 года экс-руководителей ЮКОСа приговорили к 14 годам лишения свободы за хищение нефти и легализацию выручки от ее продажи. 20 декабря 2012 года президиум Мосгорсуда снизил срок заключения бывшим руководителям НК «ЮКОС» до 11 лет (срок исчисляется с 2003 года). Таким образом, Лебедев на свободу выйдет 2 июля 2014 года, а Ходорковский - в октябре 2014 года.