Алексанян был арестован по делу «ЮКОСа» в 2006 году. По данным прокуратуры, он совершил хищение имущества «Томскнефти» и акций нефтедобывающих и нефтеперерабатывающих компаний.
В сентябре 2006 года у Алексаняна был диагностирован СПИД в тяжелой стадии. Во время заключения его здоровье значительно ухудшилось. Он практически ослеп и заболел раком печени и туберкулезом. Освободили его только в 2008 году – под залог в пятьдесят млн. рублей.
В 2010 году уголовное дело против Алексаняна было закрыто за истечением срока давности.
В «список Алексаняна» входит тридцать один человек: федеральные чиновники, рядовые следователи, прокуроры и судьи, которые, по версии «Новой газеты», причастны к смерти экс-вице-президента «ЮКОСа».
Среди прочих издание называет главу Следственного комитета Александра Бастрыкина, первого замгенпрокурора Юрия Бирюкова, которые опосредованно руководили следственными группами. Также в список попали бывший глава ФСИН Юрий Калинин и председатель Мосгорсуда Ольга Егорова, под влиянием которой московские суды заключали под стражу, «одобряли незаконные следственные действия и осуждение заведомо невиновных Ходорковского, Лебедева, Алексаняна, Бахминой и многих других лиц в рамках дел ЮКОСа».
В списке также оказались замгенпрокурора Виктор Гринь, который настаивал на аресте тяжело больного Алексаняна, и советник генпрокурора, старший следователь Салават Каримов, который предлагал ему сделку со следствием – «освобождение в обмен на показания против Ходорковского и Лебедева».
«Новая газета» предлагает включить в список прокурора и Валерия Лахтина, занимавшегося первым делом «ЮКОСа».
Почти половину «списка Алексаняна» составляют судьи, которые санкционировали или продлевали арест Алексаняна. Фамилии некоторых из них известны и по другим громким процессам. Например, судья Симоновского суда Татьяна Корнеева не только продлила арест Алексаняну, но и приговорила бывшего замначальника правового управления «ЮКОСа» Светлану Бахмину к семи годам колонии. В 2008 году она разрешила открыть уголовное дело против юриста Фонда Hermitage Capital Сергея Магнитского, который впоследствии умер в СИЗО.
