По данным СП, в конце 2012 года Минкомсвязи перечислило 1,7 млрд рублей, выделенные казанскому городу инноваций "Иннополис", другой компании с аналогичным названием. Надзорное ведомство потребовало вернуть деньги в бюджет и передало в Генпрокуратуру материалы проверки. В Минкомсвязи изданию сообщили, что конфликт уже улажен.
Строительство наукограда под Казанью было начато в июне 2012 года. В сентябре 2012 года Минкомсвязи предложило внести изменения в бюджет: выделить ОАО «Иннополис» в 2012 году 5,7 млрд рублей, а в 2013-м – 3 млрд, "в целях создания и развития инновационного центра «Иннополис»".
Между тем, отмечается в акте СП, 6 декабря 2012 г. в Казани появилось еще одно ОАО "Иннополис". Компания была зарегистрирована в той же инспекции ФНС, что и первое ОАО. У нее тот же гендиректор – Евгений Данилов (в прошлом возглавлял подразделение «Ростелекома» в Татарстане). Но другой уставный капитал – 100 тысяч рублей, и, естественно, другие ОГРН и ИНН.
По данным Счетной палаты, 26 декабря 2012 года Минкомсвязи перечислило 1,7 млрд рублей новому "Иннополису". В акте СП утверждается, что "бюджетные средства в размере 1 732 467,2 тысяч рублей, направленные на увеличение уставного капитала указанного акционерного общества, использованы не по целевому назначению и подлежат возмещению в федеральный бюджет".
В федеральном бюджете на 2013 год запланированы инвестиции в «Иннополис» в размере 3 млрд рублей, что "создает риски нецелевого использования бюджетных средств", считают представители Счетной палаты.