Оценка финансово-хозяйственной деятельности авиакомпании "Якутия" и "Полярные авиалинии" на предмет целевого использования средств госбюджета за период 2012-2014 годы и 9 месяцев 2015 года была проведена по поручению парламента и главы республики. В этот период из бюджета Якутии летным предприятиям было направлено 310 млн рублей на субсидированные перевозки из райцентров в Якутск и обратно. На внутренние региональные перевозки было направлено 13 млн рублей.
Значительная господдержка направлена на осуществление социально-значимых перевозок – 711 млн рублей, из них 98% выделено авиакомпании "Полярные авиалинии". Авиакомпании "Якутия" была предоставлена субсидия в размере 964 млн рублей на погашение лизинговых платежей.