Прокурор попал под машину, переходя дорогу по пешеходному переходу на Нагатинской набережной. Водитель автомобиля "КамАЗ", предположительно, не справился с управлением.
Геннадий Нисифоров оказался в центре общественного внимания в ноябре 2011 года, когда в ФСБ обратилась его бывшая секретарша, обвинившая его в сексуальных домогательствах. Нисифоров отверг все обвинения в свой адрес. В отношении него было возбуждено уголовное дело по статьям "покушение на изнасилование" и "превышение должностных полномочий", однако вскоре постановление о возбуждении дела было отменено.