Основной задачей ФПИ (создается в форме некоммерческой организации) является содействие высокорискованным научным исследованиям и разработкам в области обороны, которые помогут поднять на качественно новый уровень военно-технический, технологический и социально-экономический потенциал страны. Права на всю интеллектуальную собственность фонда, включая исследования и разработки, будут принадлежать России.
ФПИ придет на смену Военно-промышленной комиссии, которой руководит вице-премьер Дмитрий Рогозин, и будет подчиняться Министерству обороны и правительству России. Органами управления ведомства станут попечительский совет, правление и генеральный директор.
В первые годы деятельности ФПИ его штат будет насчитывать около 100 человек, при этом, фонд будет реализовывать около 150 различных проектов.