23 сентября 2015 года на окраине деревни Спас Торжокского района Тверской области у автомобиля Suzuki было обнаружено тело Попова с огнестрельным ранением в области груди. Установлено, что стрелявший сумел незаметно сесть в его машину на заднее сиденье, пока Попов закрывал ворота у своего дома. Когда автомобиль отъехал от дома, подозреваемый выстрелил в депутата из гладкоствольного обреза. Раненый Попов сумел выбраться из машины, однако нападавший нанес ему не менее четырех ударов прикладом по голове.
Следствие выдвинуло версию, что убийство связано с деятельностью убитого на посту председателя колхоза «Мир».
